Krškany boli osídlené v neolite, na území obce je archeologicky doložené eneolitické sídlisko s kanelovanou keramikou a sídlisko z mladšej doby bronzovej, neolitické sídlisko lengyelskej kultúry želiezovského typu, eneolitické sídliskové nálezy nagyrévskej kultúry s kanelovanou keramikou.
Obec vznikla v roku 1960 zlúčením Malých a Veľkých Krškán.
Prvá písomná zmienka o obci je z roku 1242 ako zemiansky majetok pod názvom utraque Keresken, neskôr Kyuskereskyn (1329), Keresken (1358), Kys Keresken (1461), Male Krskany (1773), maď. Kiskereskény.
V 15. storočí patrila hradu Levice, v 18. storočí Agárdyovcom a iným, v 19. storočí Zmeškalovcom a iným, koncom 19. storočia Majláthovcom a rodine Honeczovcov. V r. 1715 mala 2 kúrie a 7 domácností, v r. 1828 mala 35 domov a 213 obyvateľov.
Prvá písomná zmienka o obci je z roku 1242 ako zemiansky majetok pod názvom utraque Keresken, neskôr Nogkereskyn (1351), Nagkeresken (1461), Kerskan (1493), Welke Krskany (1773), maď. Nagykereskény.
V 15. storočí patrila hradu Levice, v 18. storočí Kereskényovcom a iným, v r. 1767 Majláthovcom, neskôr Pogányovcom a Ordődyovcom. V r. 1715 mala 9 domácností, v r. 1720 mala 6 domácností, v r. 1828 mala 59 domov a 357 obyvateľov. Obyvatelia sa zaoberali poľnohospodárstvom a vinohradníctvom, koncom 19. storočia bola v obci vápenka. Za I. ČSR pracovali obyvatelia prevažne v poľnohospodárstve. V r. 1934 tu bol štrajk poľnohospodárskych robotníkov za zvýšenie miezd.
