Krškany boli osídlené v neolite, na území obce je archeologicky doložené eneolitické sídlisko s kanelovanou keramikou a sídlisko z mladšej doby bronzovej, neolitické sídlisko lengyelskej kultúry želiezovského typu, eneolitické sídliskové nálezy nagyrévskej kultúry s kanelovanou keramikou.
Obec vznikla v roku 1960 zlúčením Malých a Veľkých Krškán.